上海市食品药品监督管理局闵行分局是垂直管理体制单位，财务经费管理实行与垂直管理体制相适应的市、区县两级财政分别负担、分级核算、逐级汇总、统一管理的办法。2012年上海市食品药品监督管理局闵行分局部门预算支出总额为1164.2万元，其中基本支出 829.3 万元，项目支出334.9万元。支出主要内容如下：
一、 医疗卫生（类）食品和药品监督管理事务（款）
指上海市食品药品监督管理局闵行分局用于食品和药品监督管理事务正常运行、开展食品和药品监督管理业务活动的支出。具体包括行政运行；事业运行；食品、药品及医疗器械检验；食品药品安全、执法办案、其他食品和药品监督管理事务支出6个项级支出科目
（一）“行政运行”科目284.78万元，主要用于事务管理的基本支出，包括人员经费中的津贴补贴以及办公费、水电费等日常公用经费方面的支出。
（二）“事业运行”科目519.26万元，主要用于事业机构事务管理的基本支出，包括人员经费中的津贴补贴以及办公费、水电费等日常公用经费方面的支出。
（三）“执法办案”科目79.17万元，主要各类食品、药品和医疗器械市场监督以及查处有关案件等方面的支出。
（四）“食品、药品及医疗器械检验”科目46.16万元，用于食品、药品和医疗器械检验方面的支出。
（五）“食品药品安全”科目94.95万元，主要用于食品、药品安全事务方面的支出。
（六）“其他食品和药品监督管理事务支出”114.62万元，主要用于法律顾问、食品安全实时监控平台软件开发、党建、政府购买服务等食品药品安全事务的支出
二、社会保障和就业（类）行政事业单位离退休（款）
指上海市食品药品监督管理局闵行分局用于机关、事业离退休人员的经费，主要有归口管理的行政单位离退休及事业单位离退休2个项级支出科目。
（一）“归口管理的行政单位离退休”科目  16.46 万元，主要用于上海市食品药品监督管理局闵行分局行政退休人员补贴支出。
（二）“事业单位离退休”科目8.8万元，主要用于闵行食品药品监督所事业退休人员补贴支出。